Entre 1638 a 1946, Gabriel de Lara, fundador da Capitania de Paranaguá, descobriu, nas encostas da Serra Negra, rica lavra de ouro, revelando o achado às Provedorias das Minas de São Paulo. Com a descoberta, inúmeros mineiros e aventureiros dirigiram-se para a região, explorando as terras e os rios em busca do ouro. Os missionários jesuítas, vindos de Cananéa fundaram no porto de Superagui, um estabelecimento agrícola e ao mesmo tempo religioso, para facilitar a catequese, visto que a população estava disseminada ao longo dos rios.
Em 1838, Cypriano Custódio de Araújo e José Fernandes Corrêa construíram uma capela no morro de Guitumbé, sob a invocação do Senhor Bom Jesus dos Perdões.
Em torno da Capela foram surgindo habitações e, em pouco tempo, nascia um povoado, elevado à freguesia em 1854, mas somente gozando do predicamento de Vila, no ano de 1880.
Em 1938, a Vila foi extinta e anexada como Distrito ao Município de Paranaguá. Voltou a figurar como município autônomo, em 1947.
O topônimo é de origem indígena e significa: GUIRÁ: a ave, a garça. QUIABA: o sítio do seu pouso, o local dos seus ninhos.
Em tupi-guarani, Guaraqueçaba significa ?lugar do Guará?, uma ave de cor bem avermelhada, que era abundante na região, mas hoje, quase em extinção.
A colonização da região começou com a chegada dos portugueses ao Paraná por volta de 1545.
FORMAÇÃO ADMINISTRATIVA
Freguesia criada com a denominação de Guaraquessaba, por lei provincial n.º 5, de 01-08-1854, subordinado ao município de Paranaguá.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Guaraquessaba, por lei provincial n.º 557, de 11-03-1880, desmembrado de Paranaguá. Constituído do distrito sede. Instalado em 25-12-1880.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município figura com 3 distritos: Guaraquessaba, Ararapira e Superagui.
Pelo decreto-lei estadual n.º 7573, de 20-10-1938, o município de Guaraquessaba foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Paranaguá.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Guaraquessaba figura no município de Paranaguá, o topônimo está grafado Guaraqueçaba.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Guaraqueçaba, por lei estadual n.º 2, de 10-10-1947, desmembrado de Paranaguá. Sede no antigo distrito de Guaraqueçaba. Constituído do distrito sede. Reinstalado em 31-10-1947.
Pela lei estadual n.º 790, de 14-11-1951, é criado o distrito de Serra Negra e anexado ao município de Guaraqueçaba. Sob a mesma lei o distrito de Ararapira é incorporado ao município de Guaraqueçaba, desmembrado de Paranaguá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Guaraqueçaba, Ararapira e Serra Negra.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 14-V-2001.
Fonte: Prefeitura Municipal.